一般に肩こりは頸部から僧帽筋エリアの諸筋に生じる主観的に詰まったような、こわばった感じや不快感・こり感・重苦しさや痛みにいたる症候の総称で、原因には諸説あるものの、確定的な診断方法や治療法はなく、腰痛などと並んで不明な点がとても多い疾患となっています。 一説では、同じ姿勢をとり続けるなどして頭や腕を支える僧帽筋やその周辺の筋肉（肩甲挙筋・上後鋸筋・菱形筋群・板状筋・脊柱起立筋）の持続的緊張によって筋肉が硬くなり、局所に循環障害が起こる。それによって酸素や栄養分が末端まで届かず、疲労物質が蓄積しこれが刺激となって肩こりを起こすと考えられています。

僧帽筋エリア（特に肩上部）の局部の圧痛から始まります。僧帽筋は肩上部では厚みがあり、それも肩こりの大きな一因となっています。進行すると圧痛点やこりを感じる部位が拡大し、筋肉の持続的緊張により圧痛部位が拡大し、深層筋（肩甲挙筋・棘上筋・菱形筋・脊柱起立筋群・上後鋸筋）にまでこりが拡大すると「芯がこったようなこり」として感じられ、筋肉がこわばり、重苦しさを感じるようになります。主観的には頸部～肩上部に「ズシーンとした感じ」「何かものがのっているかのような感じ」や肩甲骨と脊柱の間（肩甲間部）や肩甲骨の内側の際に「鉄板が入ったような感じ」として感じられる事が多く、重苦しさを放置すると痛みを感じるようになり（「頸部まで痛い」「こりすぎて背中が痛くて眠れない」）、進行すると緊張性頭痛や顔面・上肢の関連痛が生じるようになります。

病院での薬物療法としては、消炎鎮痛剤（内服または外用）・筋弛緩剤・抗不安剤などが用いられ、この医薬品として代表的なものは湿布（サロンパス、トクホン）、デパスなどがあります。症状の強いときはトリガーポイント注射や神経ブロックも行われるようです。

理学療法としては、鍼灸・各手技療法・運動療法・吸玉、カッピング療法・瀉血療法・マッサージ・温熱療法・電気療法などが行われています。

一般的に肩こりは、針・灸・マッサージ・一般の整体やカイロプラクティック、そして病院やその他の医療機関などでは、こったから（こりが溜って）硬くなっていると考えられています。

現在一般に行われている肩こりの主な解消法は、揉む・叩く等のマッサージが主流。近所に新しく出来た整骨院では保険診療でマッサージが出来るというので、毎日通院している人達で朝からいっぱいみたいです。・・・つまり、マッサージで治るならば毎日通院する必要がないのですが、実は逆にドンドン悪化して行っているので、治療したその日は楽な感じになるのですが、翌日は治療した前日よりも更にこり感が強まっているという肩こりがより悪化している事に気付いていないのです。

肩こりを訴えて病院などに行っても、筋弛緩剤（筋肉を和らげる薬）や湿布薬（こりや痛みをごまかす薬）を処方してもらえる位で、治療は終わりで、つまり根本的な治療（肩こりが治る・・即ち肩がこらなくなる）は全く存在しません。

ある整体法では、肩こりは骨盤の歪みが原因で姿勢が悪くなり、肩甲骨が外に開き、背中を丸めて胸が狭くなり圧迫されるようになって発生した硬直が肩こりを引きおこすと考えられていますが、骨盤の歪みが酷い方でも肩こりのない方は沢山いますし、骨盤の歪みがない方でも肩こりが酷い方は沢山います。

また別の整体法ではトリガーポイント等と呼ばれている筋肉の中の硬い塊が原因とされていて、硬く凝り固まったシコリと言っていますが、それは単に筋肉の繊維が絡まって癒着しているために硬いだけの事です。ですからその硬い筋肉の癒着は手で解すとある程度は軟らかくなる事もありますが、強く揉むと再び必ずくっつくのでより硬くなって行きます。（自然形体療法ではMCという器具を使用する事で、首や肩などはその場で筋肉の癒着を外します）

自然形体療法では肩こりの本当の原因は、まず一つはカラダがその状態を学習してしまった事と考えています。勉強や事務、家事などで少し肩を上げて力を入れたり、猫背気味になり、背中に力を入れたりする状態を、生き残って行く為の手段と判断して、カラダの脳が勝手に覚えてしまい、心の脳の命令がなくてもその状態を維持し続けている事です。

もう一つの原因は過剰警戒反応で、これは外敵やカラダに対する刺激や精神的ストレスにより、体全体が緊張し身構えた状態です。身構えると無意識に両肩に力が入り、いつでも防御の態勢で俊敏に動ける状態を維持します。

こうして弛緩出来なくなった状態が上半身に集中したのが肩こりであり、弛緩出来なくて緊張状態が続いているから硬くなっているのです。緊張の結果として筋肉が収縮して使い続けられていますから、副産物の疲労物質がどんどんと作り出され続けます。ところが血管やリンパ管は緊張している筋肉に圧迫されて収縮していますから、血流やリンパの流れが悪くなり、疲労物質の排出が間に合いません。

つまり疲労物質は肩～首～背中周辺に溜まる一方なのです。そして血管は益々圧迫されて、脳への血流も不足して貧血状態になり、これが症状を起こして、頭痛、めまい、吐き気や歯の痛みなども連鎖的に発生させます。肩がこると奥歯が浮く感じがするのは、そのためです。

その上、先に述べた、揉んだり、叩いたりして、強制的に疲労物質を揉み出したり、追い出したりすると、疲労物質が出て行くので、心の脳（大脳）は、気持ちがいいと感じるのですが、もう一つの体の脳は筋肉を揉んだり叩かれたりする事を外部から攻撃を受けていると判断して、益々身構えて緊張して行きます。揉んで解れて柔らかくなったように思うのは、勘違いで、筋肉の小さな組織を揉んで破壊した結果なのです。その時は快感の方が強くて痛みを感じていても気にならないのですが、快感が無くなった翌日になって、破壊された筋肉の痛みだけが残るのはそういう事なのです。ですから、肩こりを揉んで解消していると、初めはひと月に一度位揉んで解消していた人が、毎週揉まないといられなくなり、３日に一度は揉んでもらわないと、こりが取れないという結果になって行く訳です。勿論同じ強さの刺激ではこりが取り切れないので、益々より強い刺激を求めるようにエスカレートして行きます。未だかって、肩を揉んで、肩がこらなくなったというのは聞いた事がありません。肩こりが治るどころか、どんどん悪化して行くのが現状なのです。

ところが『自然形体療法』では、肩こりにならなくするのは簡単で、脳に肩の緊張を解かせて、緊張させている間違った命令を止めさせればいい訳です。その結果として健康な状態に戻ると、肩は全くこらなくなり、例え一時的にこった感じがあったとしても暫くすればこり感は勝手に無くなってしまいます。つまり、この状態は肩こりが治った（無くなった）という状態なのです。

『自然形体療法』は、体が嫌がる事もしなく、痛みも伴わずに脳から出されている緊張の命令を止めさせてしまいます。

※２０１２年１月３１日放送のたけしのみんなの家庭の医学で、一部の肩こりが、脳の間違い（体のある癖）を正す事により再発しなくなる事が放送されました。

※２０１３年２月１９日放送（関西テレビ）の間違いだらけの健康常識で、肩こりは揉んで治らず・・揉んだ直後は筋肉が柔らかくなるものの、その後の時間経過と共に揉む前よりも硬くなって行く事が放送されました。